La causa più particolare fu la polemica sorta a seguito delle 95 tesi di Lutero pubblicate contro la vendita delle indulgenze in Germania e in altre parti d'Europa. Lutero appese le tesi sulla cattedrale come forma di protesta contro la chiesa. Le cause della
Riforma sono molteplici e spesso intrecciate fra loro:
Tra le cause maggiori vi fu la posizione di Lutero rispetto all'organizzazione ecclesiastica nella diffusione della parola di Dio: le messe all'epoca erano celebrate in latino ed era
difficile poter leggere direttamente la Bibbia dato che questa non era tradotta nella lingua volgare (esistevano tuttavia già traduzioni in tedesco, in italiano, in francese ecc, ma non usate
nella liturgia) e quindi solo poche persone dotte potevano accostarsi alla lettura delle sacre scritture. Lutero - che era invece favorevole ad un diretto avvicinamento di tutti i fedeli alla
Bibbia - nella lettura delle Scritture ravvisò anche molte contraddizioni tra l'operato del clero cattolico e la stessa dottrina cristiana. Sostenendo che la Bibbia era un libro destinato
all'uomo e che ogni individuo aveva il diritto di leggerla direttamente (senza l'intermediazione della cerchia ristretta del clero), tradusse la Bibbia in tedesco e, grazie alla precedente
invenzione della stampa, ne curò l'edizione in molte copie per la successiva diffusione in Germania. La predicazione di Lutero da un lato riprendeva motivi anticlericali diffusi nella società
tedesca ed europea e dall'altro propose in modo convincente e vigoroso un nuovo modo di vedere il rapporto con Dio e la Chiesa che la scrittura stessa insegnava, soprattutto attraverso una
lettura rinnovata delle epistole di San Paolo. Seppe anche avvalersi di collaboratori come Filippo
Melantone, umanisti e tendenzialmente conservatori, che evitarono estremismi che avrebbero reso il protestantesimo poco gradito ai principi e alle città che ne furono i promotori. A causa
delle 95 tesi esposte da Martin Lutero egli stesso fu perseguitato dalla chiesa cattolica che cercava in tutti i modi di eliminarlo, ragione per cui egli ricevette protezione da alcuni principi
tedeschi.
Altra causa fu la rilassatezza della gerarchia ecclesiastica cattolica che perseguiva obiettivi economici e di potere. Al tempo le cariche ecclesiastiche potevano essere cumulate per
beneficiare di più rendite e senza che a queste corrispondesse effettivamente lo svolgimento di un ministero ecclesiastico. Al beneficium spesso non corrispondeva l'officium. La
predicazione era il più delle volte affidata agli ordini mendicanti, mentre vescovi e abati dei grandi monasteri erano spesso membri di famiglie di nobili che si disinteressavano dell'aspetto
religioso dell'amministrazione delle diocesi. Ciò indebolì la reazione religiosa, più che quella politica, alle critiche teologiche di Lutero verso l'organizzazione ecclesiastica.
A tutto questo si intrecciò il fattore politico. Il Sacro Romano Impero era un
organismo complesso, costituito dall'imperatore, al tempo Carlo V, che doveva regnare con il consenso dei principi e dei feudatari. La religione divenne un importante elemento in
questo equilibrio precario, a sua volta in relazione con il papato, con le altre monarchie europee e
minacciato dalla Turchia nelle frontiere sud orientali.